La investigación desarrollada en el TESJo ha sido orientada a la solución de problemas sociales y del sector productivo, para lo cual se han consolidado 14 líneas de investigación en las diferentes carreras de ingenierías, contador público y arquitectura, además de contar con nueve cuerpos académicos, dos de ellos en consolidación, enfocados al desarrollo de proyectos de investigación en áreas como: la Automatización, Control y Simulación de sistemas, Diseños Arquitectónicos Sustentables, Innovación y Optimización de Procesos, Sistemas Mecatrónicos, Robótica, Procesos Ambientales Sostenibles, Ingeniería de Materiales, Contabilidad Integral para el Sector Empresarial y Gubernamental, Minería de datos y Reconocimiento de Patrones.
Además de contar con uno de los primeros Centros de Cooperación Academia Industria (Centros CAI) en México, que siguen el modelo de educación superior de Corea del Sur para una vinculación más estrecha entre las empresas de la región y los investigadores y estudiantes de la Institución.
